Обыкновенно делают резервную копию БД и работают над доработкой программы вместе с рабочей базой данных, а во время разработки необходимо приостанавливать возможность работы клиентов с базой данных.
Либо рабочий файл базы данных модифицировать вручную, чтобы его структура соотвествовала структуре новой версии проекта, это можно сделать например программой SQLite Studio.
Еще один вариант, это записать в базу данных номер ее версии, а в проекте написать скрипт, который будет обновлять структуру БД до необходимой версии, удаляя или добавляя таблицы и поля.
Dmitry.